Deux orgues de danse et un orgue de foire de la collection Ghysels ont reçu le statut de « chef-d'œuvre ». Ils sont ainsi reconnus comme un patrimoine exceptionnel.
Un certain nombre d'instruments de musique de la collection du musée sont joués par nos maîtres instrumentaux. Si certains instruments historiques ont été restaurés pour être praticables malgré leur âge avancé, d'autres ont été créés, chacun avec sa propre histoire.
Depuis 1967, le Musée Vleeshuis conserve un magnifique piano à queue de Pleyel, Wolff & Cie. Après une restauration complète en 2020-2021, l'instrument est redevenu praticable. Le pianiste-compositeur belge Jeroen Malaise est ambassadeur du « Pleyel ».
Vers 1827, le facteur de piano bruxellois Karel Kadel a construit le piano carré de notre collection. Le pianiste Thomas Boodts est un ambassadeur de l'instrument.
Depuis 1967, le Musée Vleeshuis conserve le clavecin Dulcken magistral, prêté en permanence par le Conservatoire royal d'Anvers. Korneel Bernolet, claviériste historique, est un ambassadeur de l'instrument.
